Puedes sifonar esa arena y sustituir el agua por nueva.
Otra opción sería dejar que el filtro vaya haciendo su función y los sedimentos en suspension del agua se vayan asentando en el fondo..
Como dice @DjSete el filtro siempre debe estar funcionando, releyendo mi mensaje puede malentenderse. Lo que quería decir es lo mismo que dice él, hay que tener paciencia.tengo que echar el acondicionador?
Hola a mi lo que me funciona siempre cuando armo acuario nuevo.... y si no estoy muy apurado con meter los peces.... es poner el filtro solo con perlon un dia y despues, si, armar el filtro para ciclado, o la otra es usar un filtrito viejo con perlon y sacarlo en unos dias.....
Como dicen arriba, paciencia. Pregunta:que sustrato usaste, y si había que lavarlo, lo lavaste?