Hola. Yo siempre lo hago de la misma manera. Lleno un cacharro con agua del acuario y meto a los peces. Después vacío el acuario guardando el agua que saco para luevo volver a ponerla. Si no toda, si por lo menos la mitad.
Ya sin agua, quito adornos, plantas, etc. Para sacar el sustrato antiguo, parto una botella, de agua, refresco, lo que sea de 1.5l por la mitad, y uso esto para ir retirando el sustrato a modo de cuenco. Despues, limpio la base aprovechando que no ha nada, pongo el sustrato nuevo, y el resto es facil.
Espero que te sirva.
Un saludo