Buenas!
Yo lo haría por compartimentos, de tal manera que en el primer compartimento, que es la bajada del agua del acuario por el rebosadero le pondría una esponja, para la retención de partículas más gruesas. En el segundo compartimento pondría perlón para la retención de partículas finas. Y en el tercero pondría el material filtrante biológico y la bomba de subida. De tal manera que los compartimentos de los materiales filtrantes físicos (esponja y perlón) sean más pequeños que el de filtración biológica.
Así lo haría al modo más básico y que para tu acuario y a ti puede resultarte más cómodo, luego hay muchas variantes de sump.
Espero haberte ayudado. Saludos!