Tendras que cuarar los troncos si son el problema del mal olor ... mueve un poco tu sustrato revisa que no salgan burbujas de el si salen se estan quedando gases dentro de el y pues eso ocasiona mal olor sifonear seria recomendado
Revisa tus filtros que muevan el volumen de agua de tu acuario al menos unas 3 a 4 veces minimo
La razón de que un acuario huela mal, es por un excedente de materia orgánica ya sea comida, desechos de peces o plantas en descomposición, y por lo tanto las bacterias que se encargan de procesarlas no pueden con la carga . Esto hace que las bacterias empiecen a trabajar “forzadamente” sin oxigeno, depende de la bacteria el agua olerá de una manera u otra. esto se llama el ciclo del nitrogeno que veo estas en proceso por lo que comentas en tu post