Buenas Alejandromb,
Yo las sacaría y las limpiaría con un cepillo de dientes (Uno eléctrico puede facilitarte la tarea) las enjuagaría bien y listo.
La lejía es probable que acabe con las algas de las rocas pero si quedan trazas al introducirlas en el acuario puedes matar a la colonia bacteriana, afectar a las plantas o, incluso, a los animales que habiten. Además, podrías aumentar las probabilidades de aparición de más algas si afecta a lo anterior.
Hay otro remedio, que se ve bastante en internet, con agua oxigenada, pero desconozco el tratamiento. Quizás otros foreros puedan ayudarte más. Dicen que es menos perjudicial.
Si aun así quieres probar con la lejía, no la uses pura, diluyela (yo pondría 10ml por litro de agua e iría subiendo si no consigues el efecto deseado) y déjala actuar al menos 2h, según vayas viendo, la limpiaría con un cepillo. Después la enjuagaría bien. Recuerda que cualquier traza es muy perjudicial.
